1. Klasse
Der Religionsunterricht beginnt in Flawil mit einer Lektion pro Woche in der 1. Klasse. Er wird in der ersten Klasse als interkonfessioneller Unterricht erteilt, d.h. die katholischen und die evangelischen Kinder werden gemeinsam unterrichtet.

2. Klasse
In der zweiten Klasse werden die zwei Religionsstunden pro Woche konfessionell getrennt erteilt.

3. Klasse
In der dritten Klasse wird je eine Lektion pro Woche interkonfessioneller und eine Lektion konfessioneller Unterricht erteilt. In dieser Zeit erfolgt auch die Vorbereitung auf die Erstkommunion.