Weil die Kirchen mehr verbindet als trennt, ist in den letzten Jahren die ökumenische Zusammenarbeit zwischen der evangelischen, der evangelisch-methodistischen und der katholischen Kirche in Flawil gewachsen und heute zu einer Selbstverständlichkeit geworden. Mehrmals im Jahr trifft sich ein ökumenisches Pfarrteam zu gemeinsamen Besprechungen, aber auch zum Austausch beim Mittagessen.

Ökumene lebt aber nicht nur auf Pfarreiebene, sondern vor allem an der Basis bei gemeinsamen Gottesdiensten und Projekten.